Sebagai dua negara yang bertetangga dekat, Indonesia dan Malaysia mempunyai banyak perbatasan, baik darat maupun laut. Sebagai konsekuensinya, kedua Negara menghadapi berbagai masalah perbatasan yang perlu dikelola secara benar. Masalah utama yang dihadapi adalah perdagangan ilegal yang dampaknya merugikan Indonesia secara ekonomi, sosial, maupun keamanan. Penelitian yang dilakukan di Entikong (Kalimantan Barat), dan Tanjung Selor (Kalimantan Timur) pada tahun 2017, dimaksudkan untuk menganalisis permasalahan perbatasan, dilihat dari ketiga sisi tersebut dengan tujuan agar ada solusi yang saling menguntungkan dalam pengelolaan perbatasan kedua negara.

Meningkatnya anggaran pengelolaan perbatasan Indonesia dari 9,6 triliun pada tahun 2015 menjadi 16,5 triliun pada tahun 2017 masih belum memadai karena itu berarti pemerintah baru bisa membangun 187 kecamatan dari 778 kecamatan yang berada di perbatasan untuk tahun 2015-2019. Untuk mengimbangi kekurangan ini, Indonesia perlu mendorong Malaysia agar secepatnya menyelesaikan permasalahan di perbatasan karena menyangkut kepentingan kedua negara. Perlu upaya dan kerja keras serta kemauan politik dari kedua Negara untuk menyelesaikan masalah di perbatasan.