Penyelenggaraan pengamanan persandian adalah rangkaian kegiatan dan tindakan pencegahan atau penanggulangan yang dilakukan secara terencana, terarah, dan berkesinambungan untuk melindungi kelangsungan persandian dari segala hakekat ancaman dan gangguan dalam satu kesatuan Sistem Persandian Negara.

Pengelolaan persandian di pemerintah daerah dapat dikategorikan bersifat spesifik untuk memenuhi kebutuhan masyarakat.  Meskipun bersifat spesifik, bukan berarti publik dilarang untuk mengawasi pengelolaannya agar tidak terjadi penyalahgunaan. Dengan dimensi pengaturan yang dianut dalam kebebasan Informasi publik, informasi dan transaksi elektronik, serta substansi pengecualian kerahasiaan negara, maka pemda bukan tidak mungkin berada dalam dilema untuk mengelolanya lebih lanjut di tingkat kewenangan yang ada. Hal ini mengingat dibandingkan pemerintah pusat, maka pemerintah daerah cenderung lebih besar muatan tuntutan keterbukaan informasinya bagi publik.

Persandian sebagai upaya untuk mengamankan, melindungi dan menjamin orisinalitas sebuah berita atau dokumen pemerintah merupakan hal yang amat penting dalam era serba teknologi informasi saat ini. Modernisasi pemerintahan akan sangat bergantung dan didukung oleh penggunaan teknologi infomrasi di segala aspek mulai dari administrasi perkantoran (e-office), perencanaan (e-planning), keuangan (e-budgetting) dan fungsi pemerintahan lainnya. Penggunaan teknologi informasi dalam penyelenggaraan pemerintahan daerah akan menghadapi beberapa resiko seperti penyadapan, hacking dan berbagai ancaman lainya. Adanya ancaman dalam pengelolaan pemerintahan yang berbasis teknologi informasi (e-government) tersebut membuat pengelolaan persandian oleh pemerintah daerah menjadi terasa lebih penting.

Persandian sebagai urusan pemerintahan yang bersifat wajib dan tidak tergolong pelayanan dasar adalah salah satu instrumen pemda dalam menjaga integrasi bangsa. Masalahnya, adalah pola penggunaan teknologi informasi belum dilakukan secara penuh dan masih dilakukan secara manual. Bahkan bukan hanya secara teknis, tetapi juga secara politis cara pandang penyelesaian dan pencegahan gangguan keamanan, kadangkala masih menggunakan pola yang konservatif. Meskipun otonomi kabupaten/kota semakin menguat aspirasi dan kewenangannya, tetapi praktek demokrasi deliberatif belum berjalan secara penuh dan masih sebatas di tingkat elitis atau bahkan serimonial.

Ketidakmerataan kegiatan persandian di daerah juga disebabkan dari tidak seragamannya pemahaman pemda terhadap kriteria informasi yang masuk dalam kategori disandikan. Hal ini yang menyebabkan timbulnya subjektivitas persandian yang terbatas pada tujuan menjaga kerahasiaan informasi semata.

Urusan persandian bagi pemerintah daerah memegang peranan yang cukup penting, terutama dikaitkan dengan bagiamana keamanan atau kerahasiaan data dan informasi pemerintah daerah dapat terlindungi. Namun disisi yang lain, urusan persandian juga berhadapan dengan era keterbukaan informasi yang sudah meliputi semua aspek kehidupan bermasyarakat. Penataan pengaturannya harus baik dan lengkap, karena persandian harus berhadapan dengan bagaimana menjaga kepercayaan masyarakat terhadap jalannya pemerintah daerah yang bersih dan terbuka.